История больницы неразрывно связана с историей России 2-й половины XX– начала XXIвека. В 1960–1970-х годах в нашей стране получили стремительное развитие научные исследования в различных областях: среди них ядерная физика, медицина, биология, астрономии. Наиболее интенсивная научная работа шла в крупных городах Сибири, Дальнего Востока, Урала, Кольского полуострова, а также в Москве и в Ленинграде. Организация медицинского обеспечения научных кадров стала в те годы одной из первоочередных задач отечественного здравоохранения.
Как известно, Российская академия наук ведет свое происхождение от Петербургской академии наук, созданной еще в 1724 году указом Петра I, поэтому не случайно одно из первых ведомственных медицинских учреждений Академии наук появилось именно в Ленинграде.
В 1962 году распоряжением Президиума АН СССР были открыты Ленинградская клиническая больница и поликлиника Академии наук, а ее пациентами – так называемым прикрепленным контингентом – стали, в первую очередь, ученые, сотрудники академических центров и институтов.
В течение более полувека больница постоянно развивалась, чутко реагируя на изменения в научной и практической деятельности учреждений Ленинградского – Санкт-Петербургского научного центра РАН. Увеличение числа сотрудников институтов, изменения в демографических и медико-социальных условиях жизни жителей города, ученых всегда находили свое отражение в структурных преобразованиях больницы, освоении новых направлений деятельности и методик лечения. К настоящему времени Санкт-Петербургская клиническая больница РАН по праву считается одной из ведущих клиник не только Северной столицы, но и всех медицинских учреждений РАН в нашей стране.
Огромную роль в развитии СПб больницы РАН сыграли ее главные врачи – прекрасные специалисты и организаторы. В разные периоды больницу возглавляли Вера Александровна Полторак (1962–1971), Светлана Михайловна Леонидова (1971–1986), София Ивановна Морозова (1986–2007), Олег Леонтьевич Чагунава (2008 - 2024). С 2024 года главным врачом учреждения назначен ведущий специалист в области заболеваний позвоночника, врач-травматолог-ортопед, врач-нейрохирург, врач-онколог, д.м.н., профессор Пташников Дмитрий Александрович.